A su llegada, Bovadilla destituyó a Colón y a sus hermanos de sus cargos. Confiscó todos los bienes del descubridor y le sometió a proceso sin darle posibilidad de defenderse, acusándole de tiranía y malos tratos contra los colonos. Los Colón llegaron a temer por sus vidas, pero finalmente fueron embarcados hacia Castilla, cargados de grilletes. Entretanto, Bovadilla accedió a todas las peticiones de los rebeldes: dio plena libertad para buscar oro, vendió tierras e hizo «generosos» repartimientos de indios.