Colón tuvo que enfrentarse con otras sublevaciones de menor entidad, las cuales sometió ejecutando a sus cabecillas. Pero ante el progresivo deterioro de su posición, acabó solicitando a los Reyes Católicos el envío de un juez especial (lo que equivalía a reconocer su impotencia para dominar las disidencias).
No obstante, antes de recibir la petición del Almirante, los monarcas ya habían decretado dicha medida; decidieron nombrar juez pesquisidor a Francisco de Bovadilla, comendador de Calatrava, quien todavía tardó algún tiempo en iniciar un viaje que le llevó a Santo Domingo el 24 de agosto de 1500.
No obstante, antes de recibir la petición del Almirante, los monarcas ya habían decretado dicha medida; decidieron nombrar juez pesquisidor a Francisco de Bovadilla, comendador de Calatrava, quien todavía tardó algún tiempo en iniciar un viaje que le llevó a Santo Domingo el 24 de agosto de 1500.