A su llegada, comprobó que su larga ausencia había complicado aún más la situación. Su hermano Bartolomé, como adelantado, tuvo que hacer frente a una sublevación capitaneada por Francisco Roldán; una rebelión que aún coleaba cuando el Almirante llegó y que tuvo que zanjar firmando una humillante capitulación en la que se sometía a las exigencias del cabecilla.
La firma de esta desventajosa concordia abrió un nuevo período en la historia de la conquista y explotación del Nuevo Mundo, pues dio pie al reparto de tierras entre los colonos, les concedió el derecho a utilizar a los indios para realizar trabajos forzados en el laboreo de las tierras y el trabajo en las minas (lo que ha sido considerado como el más directo precedente de la encomienza), y les dio libertad para proceder a la extracción de oro.
La firma de esta desventajosa concordia abrió un nuevo período en la historia de la conquista y explotación del Nuevo Mundo, pues dio pie al reparto de tierras entre los colonos, les concedió el derecho a utilizar a los indios para realizar trabajos forzados en el laboreo de las tierras y el trabajo en las minas (lo que ha sido considerado como el más directo precedente de la encomienza), y les dio libertad para proceder a la extracción de oro.