Las protestas de Colón hicieron que algunas de las disposiciones citadas fuesen suspendidas, pero movieron, asimismo, a los reyes a enviar al Nuevo Mundo a un comisario real -Juan de Aguado- con la misión de fiscalizar las actuaciones del Almirante y pasar informes sobre la situación del proyecto. Los roces de Colón con Aguado fueron inevitables y llevaron al Almirante a emprender la ruta de retorno a Castilla el 10 de marzo de 1496, llegando a Cádiz el 11 de junio siguiente.