Las expectativas originadas por el éxito del primer viaje provocaron un aluvión de solicitudes de candidatos a integrar la tripulación de los distintos barcos integrantes de la flota. La organización decidió limitar el número de expedicionarios a 1.000 hombres, de los cuales 800 habían de ser soldados. No obstante, estas previsiones quedaron finalmente cortas, pues, al parecer, acabaron embarcando más de 1.200 hombres en un total de 17 buques, de los cuales 14 eran carabelas y 3 naos. La flota quedó bajo el mando de Colón y Pero Alonso Niño fue nombrado piloto mayor. Junto a los soldados, también formaron parte de la expedición hidalgos en busca de fortuna, labradores con animales, aperos agrícolas y semillas, artesanos con sus instrumentos, y un grupo de religiosos bajo la dirección de un benedictino de Montserrat.