De todas formas, tampoco acabó el rosario de problemas. Colón encontró en Santa Fe importantes valedores, hombres que había ido ganando para su causa en los años anteriores, y entre ellos los miembros del llamado «grupo aragonés», formado en parte por conversos con fuertes vinculaciones en el mundo de las finanzas y que gozaban de la confianza personal de Fernando el Católico. Por el contrario, tuvo que enfrentarse con una nueva Junta, que se pronunció negativamente ante lo que ésta consideraba exorbitantes pretensiones económicas y honores de Colón, «mandando los Reyes que le dijesen que se fuese en hora buena», según apostilla Las Casas en su relato de los hechos.