Tras valorar como inviable el viaje-proyecto, la comisión emitió una resolución contraria a las pretensiones de Colón. Aunque no es posible determinar a ciencia cierta las causas de dicho dictamen, algunos autores afirman que el factor decisivo fue que Isabel la Católica no quería violar los términos del Tratado de Alcaçovas. No obstante, otros autores señalan un segundo motivo: los reyes no deseaban dispersar sus recursos en otro proyecto que no fuera el de la conquista del reino de Granada. Pese a la resolución negativa de la Junta, Colón no se desanimó y volvió a entrevistarse con los Reyes Católicos en Málaga, a finales del verano de 1487. Los resultados del encuentro volvieron a ser negativos.