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Algunos de los actos mágicos atribuidos a él incluyen: haber sido visto al mismo tiempo en dos ciudades, la aparición de un águila blanca que permitió que él la acariciara, un saludo que el río le ofreció diciendo “hola Pitágoras”, la predicción de que aparecería un hombre muerto en una nave a punto de ingresar al puerto, vaticinar la aparición de un oso blanco, entre muchos otros prodigios.
Estas historias también hacen alusión a que Pitágoras era un hombre divino, por su capacidad de dominar a los animales y superar los límites espacio-temporales humanos.