Problemáticas: Aunque comparta con otros murciélagos troglófilos los problemas derivados de las pérdidas de refugios por molestias, en esta especie sus efectos pueden resultar especialmente graves. Por una parte, al ser un animal extremadamente gregario, la desaparición de una colonia puede suponer, en realidad, la de varios miles de animales y su extinción en un territorio muy extenso. Esto puede resultar especialmente grave si se trata de una colonia de invernada. Por ejemplo, si desaparecieran las 3 colonias de este tipo que se conocen en Cataluña, esto pondría en grave riesgo de extinción al murciélago de cueva en todo el NE ibérico y SE de Francia.