La enfermedad se transmitía a través de las ratas, cuyo agente ere un bacilo originariamente denominado Pasteurella pestis y ahora conocido como Yersinia pestis (aislado en 1894 en Hong-Kong durante una epidemia por el microbiólogo suizo Alejandro Yersin, del que tomó su nombre). El bacilo pasaba al hombre a través de las pulgas que vivían con las ratas y también transportaban la bacteria. Por lo que en realidad se trata de una epizootia de las ratas que se propaga al ser humano por intermedio de los ectoparásitos de estos animales (la pulga de las ratas llamada Xenopsylla cheopis).