La procesada, que no sabía leer ni escribir, sufrió interrogatorios día y noche por parte de las autoridades políticas y religiosas de Glaris. Ella insistía en su inocencia, pero fue torturada; se le colgó de los pulgares, se le ataron piedras a los pies. Una vez terminada la tortura, ella se retractó de su confesión. De nuevo se le torturó brutalmente para que volviera a admitir su “culpabilidad”. Dos semanas más tarde, Anna Goeldi fue decapitada con una espada en la plaza pública.