El museo fue concebido desde su inicio como uno de los elementos para relanzar la ciudad en un momento crítico, junto a otras intervenciones como la construcción del metro, una de las infraestructuras públicas más celebradas de las construidas por el estudio de Norman Foster, y el saneamiento del Nervión. El Bilbao de finales de los ochenta y principios de los noventa era una ciudad desalentada, acosada por la reconversión industrial y la conflictividad social, y un desastre en términos urbanos y de imagen.