La decisión de ubicar este centro Guggenheim en la capital vizcaína la tomó Thomas Krens en 1991. Krens, máximo responsable de los museos Guggenheim durante 20 años (abandonó el cargo en 2008), descartó otras posibles sedes en España (Barcelona, Sevilla o Santander) debido, entre otros factores, a la complicidad política del entonces gobierno autonómico de Euskadi, presidido por José Antonio Ardanza, y a la disposición de inversión económica en el proyecto.