El interior del templo, rico en obras de arte, perdió gran parte de las mismas en el incendio de principios del siglo XX.
Se salvaron, no obstante, el sarcófago con las reliquias de san Isidro, que se custodia en el retablo mayor, y algunas pinturas y esculturas; así, un excelente retablo presidido por La Sagrada Familia, también llamado Las dos Trinidades, de Sebastián Herrera Barnuevo, considerada la obra maestra de este artista, en la capilla del Pilar; o varios cuadros del maestro barroco Francisco Rizi, entre ellos el que representa La conversión de san Francisco de Borja, en el retablo del brazo izquierdo del crucero.
Después de 1936 el templo fue restaurado por Javier Barroso, vemos el crucero en la fotografía.

(19 de Marzo de 2019)