Existente ya a finales del siglo XII y levantada acaso en un solar ocupado anteriormente por la primitiva
iglesia cristiana del
Madrid islámico, ya que la jurisdicción de
San Andrés se extendía por lo que fue el antiguo
barrio mudéjar, posterior morería. Este templo fue muy frecuentado por san Isidro Labrador y
santa María de la Cabeza, feligreses de la
parroquia en la que el
santo fue enterrado. Junto a él se alzaba la
casa de su amo Iván de Vargas, sobre la que se levantó luego el
palacio de los marqueses de Paredes, ahora reconstruido y convertido en
museo de titularidad municipal. En él se encontraba el
pozo, protagonista de uno de los milagros del santo, y una pequeña
capilla en el lugar donde se decía que había vivido San Isidro.