Su alto valor ecológico está relacionado con su diversa vegetación acuática y con el importante número de especies vertebradas que albergan. Estos valores medioambientales han supuesto su inclusión dentro de la Red Natura 2000, ya que la mayor parte de los humedales han sido declarados como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y Lugares de Interés Comunitario (LIC), estando a la vez incluidos en el Catalogo Regional de Zonas Húmedas. Sin embargo este grado de protección no ha sido suficiente y actualmente las lagunas del Canal de Castilla cuentan con un estado de conservación desfavorable e incluso algunas han desaparecido
