La Sala de las Pinturas corresponde a una reforma del siglo XVIII para convertirlo en salón rectoral, y las pinturas que atesora son de la etapa en la que el colegio acogió a los irlandeses (de ahí que Fonseca también se conozca como Colegio de los Irlandeses). Pinturas que representan las alegorías del libro escrito por Saavedra y Fajardo en el siglo XVII, Idea de un príncipe político cristiano.
