La iglesia y convento de Nuestra Señora de La Merced constituyen un monumento tardogótico de los siglos XV y XVI sito en la Calle de la Merced de la ciudad. El templo continúa teniendo un uso religioso como parroquia de los Padres Jesuitas, mientras que las antiguas dependencias conventuales, habitadas por los Mercedarios durante más de tres siglos, están hoy integradas en un negocio de hostelería.
Historia del convento y de la iglesia
En 1419 los Padres Mercedarios abandonaron el pequeño convento fundado cerca del Hospital de San Lázaro por San Pedro Nolasco hacia 1272 y, con la ayuda de algunas ricas familias burgalesas y en particular del obispo de la ciudad, Alfonso de Cartagena, se instalaron en un lugar más céntrico, junto a la ribera izquierda del río Arlanzón, cerca del puente y el Arco de Santa María.

El nuevo convento comenzó a construirse en las postrimerías del siglo XV, hacia 1498, bajo el patronazgo de los mercaderes Francisco del Castillo y su esposa Leonor de Pesquera, y sobre planos del arquitecto Francisco de Colonia, o quizá de su padre, Simón de Colonia. Las obras se prolongaron a los primeros años del siglo XVI, y consta que en torno a 1519 intervenían en ellas los maestros Domingo y Pedro Villarreal.

A consecuencia de la desamortización de Mendizábal de 1836 los frailes mercedarios se vieron obligados a abandonar el edificio. Al rechazar el Arzobispado de la ciudad hacerse cargo del edificio, éste fue adquirido por el Ejército, dando comienzo el expolio sistemático de toda su riqueza: el mobiliario litúrgico, la imaginería, los retablos y los libros. El 31 de enero de 1891, fiesta de San Pedro Nolasco, la iglesia fue reabierta al culto bajo la jurisdicción de la Compañía de Jesús, que sigue regentándola hasta el día de hoy.

El 20 de abril de 2001 el templo sufrió un incendio accidental que le provocó gravísimos daños. Las llamas destruyeron el retablo mayor neogótico, fundieron los tubos del órgano, abrasaron las bóvedas, hicieron añicos las vidrieras y derrumbaron la cúpula del ábside. Tras una eficiente obra de restauración, llevada a cabo por Cabero Edificaciones S. A., la iglesia fue reabierta al culto el 21 de mayo de 2003.