Sobre estas torres, a mediados del siglo xv, Juan de Colonia elevó sendas agujas o chapiteles piramidales de base octogonal y de finos calados que configuraron definitivamente la silueta de la seo burgalesa. Su progenie suevoalemana coincide con el proyecto de la catedral de Colonia, que pudo conocer el maestro Juan, si bien las agujas de la ciudad alemana no se realizaron hasta el siglo xix. Los chapiteles burgaleses fueron levantados con las aportaciones económicas del obispo Alonso de Cartagena y de su sucesor en la sede, Luis de Acuña, cuyos blasones, junto con los de la monarquía castellano-leonesa, aparecen en los antepechos que conectan con las cúspides de las torres. En estos antepechos el maestro Juan dispuso también la leyenda pax vobis y la escultura de Cristo mostrando las huellas de su Pasión, en uno, y la leyenda ecce agnus dei (he aquí el Cordero de Dios) y una escultura de San Juan Bautista, en el otro.
Jalonan el conjunto de la fachada dos torrecillas poligonales, decoradas con arquillos lobulados, con pináculos y con estatuas y rematadas en agujas piramidales que ascienden hasta el arranque de las agujas de las torres; en su interior albergan sendas escaleras de caracol que ascienden al triforio y a las bóvedas de la catedral