El punto de partida del edificio es la Batalla del Toro (1476) que decide la sucesión al trono de Castilla, entre los seguidores de la Beltraneja y los fieles a los jóvenes príncipes Isabel y Fernando.
La victoria reafirma en el trono a la real pareja, y como hito del acontecimiento, Isabel decide construir el Monasterio como Templo votivo y Panteón Real.