La
historia de
Cuenca está, en buena parte, por hacer. Desde la Edad del Hierro constan civitas, castros o polis en diferentes puntos de la provincia, pero no hay constancia de que en el actual emplazamiento de Cuenca hubiera existido asentamiento alguno.
Aunque no esta clara su fundación, ya existía en el año 784 la ciudad de Kunka. Su florecimiento tiene que ver con la construcción como ciudad fortificada. La
familia de los Banu Di-l-Nun, construyeron una
plaza dependiente del califato de
Córdoba al más puro estilo andalusí, con un
castillo en la zona más elevada, una medina con su mezquita aljama en el lugar que hoy ocupa la
catedral, y una alcazaba, todos ellos separados por fosos labrados en la
roca viva y fortificados con
murallas; en la desembocadura del
río Huécar construyeron un gran estanque para incrementar el sistema defensivo de la ciudad.
El primer gobernador
militar que consta fue Sulayman ben Utman, muerto en 768 por el maestro de
escuela Sakya ibn Abd al-Wahid, que se declaró en rebeldía.
En 1076 el aragonés Sancho Ramírez pone cerco a la plaza de Cuenca sin poder conquistarla. Álvar Fáñez es derrotado en el
verano de 1098 por el general almorávide Ben Aisa.
El territorio de la provincia dependió del emirato de
Valencia, y más tarde del reino árabe de
Sevilla. A principios del siglo XII cayó en poder de los cristianos y en 1108, fue reconquistada por los almorávides. Alfonso VIII la ocupó en 1177, concediéndole un fuero especial. Durante algún tiempo fue zona fronteriza de la Reconquista, y punto de partida de las
excursiones contra los moros.
En 1147, Muhammad ben Abd Allah ibn Said ben Mardanís, el llamado Rey Lobo o Ben Lope, es proclamado rey de Cuenca,
Murcia, Valencia y toda la parte oriental peninsular siendo independiente, enfrentándose a los almohades hasta el 8 de marzo de 1172 en que muere.
Abu Yacub Yusuf y Alfonso VIII firman treguas para siete años, pero en el verano de 1176, los conquenses, junto con los de Alarcón y Moya algaran las tierras cristianas de Huete y Uclés rompiendo el pacto.
Alfonso VIII convoca a las gentes de Almoguera,
Ávila, Atienza,
Segovia, Molina,
Zamora, La Transierra junto al señor de Albarracín Pedro Ruiz de Azagra, el conde Nuño Pérez de Lara, Pedro Gutiérrez, Álvar Fáñez, Tello Pérez, Nuño Sánchez, el rey de
León Fernando y el de
Aragón Alfonso El Casto y las Órdenes
Militares de Santiago, Calatrava y Montegaudio y pone cerco a la ciudad en el día de la Epifanía del Señor de 1177. El 27 de Julio los conquenses hacen una salida atacando el campamento cristiano con el objeto de dar un golpe de gracia contra el rey pero solamente logran matar al conde Nuño Pérez de Lara. El hambre, las enfermedades y los muertos por los continuos ataques de manganas y trabucos, obligan que a mediados de septiembre se rindan y entreguen la ciudad. El
ejército cristiano toma la alcazaba y el castillo y, tras el abandono musulmán de la ciudad, Alfonso VIII y su séquito entran triunfantes en Octubre en la ciudad de Cuenca, pasando desde entonces, a formar parte del reino de Castilla. Alfonso X el Sabio le concedió título de Ciudad.
Cuenca participó activamente en la revuelta de las comunidades de Castilla en 1521. Sufrió cerco y fue saqueada por las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia. Fue sitiada y tomada por los carlistas en 1874, destruyendo parte de la
muralla y pasando por las armas a un gran número de sus habitantes.