En el término municipal se localiza parte de los espacios incluidos en la Red Canaria de Espacios Naturales Protegidos del Parque nacional del Teide, del Parque natural de la Corona Forestal, del Paisaje Protegido de Ifonche y del Monumento Natural de Montaña Colorada. Estos espacios están incluidos también en la Red Natura 2000 como Zonas Especiales de Conservación y Zonas de Especial Protección para las Aves. Vilaflor cuenta además con los Montes de Utilidad Pública denominados Vica y Lajas y Lomo Gordo y Agua Agria. Dentro de estos espacios protegidos se ubican lugares naturales de interés como el manantial de Fuente Alta, que se encuentra a 1.400 metros sobre el nivel del mar.

(15 de Julio de 2019)