En 1623 se constituye como
casa de recolección, restablecido por fray Bartolomé de
San Francisco. De este modo siguió durante los dos siglos siguientes, en los que se incrementó el número de frailes, se renueva el
edificio y se amplía su acción apostólica y cultural. Según el P. Germán Rubio, en el siglo XVII se hicieron grandes reformas especialmente por el padre fray Blas de Benjumea, Ministro Provincial entre 1663-1666. El terremoto de 1755 afectó principalmente a la
iglesia, abovedándose su cuerpo y levantándose una
cúpula con linterna sobre el crucero. También se vio afectado el
claustro de la portería, el cual se rehizo de nuevo, aprovechándose los cimientos antiguos. El siglo XIX supone el ocaso del
monasterio de
Santa María de
La Rábida. Todo se inicia con la invasión francesa, el saqueo y el cierre temporal del
convento. Aunque permanecieron dos religiosos en el cenobio, el desastre fue general. Posteriormente, entre 1820 y 1823, con la exclaustración temporal, se clausuró el monasterio.