La ciudad ha sido punto de encuentro de diferentes culturas y civilizaciones. En 2006, en una zona próxima al
colegio Seminario, se encontraron restos datados entre el 3000 y el 2500 a. C., muy anteriores a TartessosEl hallazgo de dos depósitos cilíndricos con alrededor de unas treinta piezas de deidades prehistóricas, la mayor conocida hasta el momento, situarían en la capital onubense «el poblamiento continuado más antiguo de la Península Ibérica»Los hallazgos arqueológicos de la ciudad de
Huelva datan de 3.000 años a. c. aunque su fundación como ciudad está establecida sobre el año 1.000 a. c. Huelva fue población tartesa y los Tirios fundaron su templo a Hércules en la Isla de Saltes, a los pies de la ciudad. Los Fenicios la llamaron Onoba, de los vocablos Onos-Baal (Fortaleza o fuerza de Baal), situada más allá de las
Columnas de Hércules mitológicas, entre los
ríos Tinto y Odiel, fue utilizada por los
romanos (Onuba) como
puerto minero y se constituyó en importante reino de taifa en época musulmana con el nombre de Guelbah. Reconquistada a los árabes por Alfonso X el Sabio en 1257, ha sido cuna de célebres navegantes, entre ellos Alonso Sánchez, figura precursora del Descubrimiento de América. Los terremotos del siglo XVIII asolaron la ciudad, borrando las huellas de su histórico pasado, del que apenas quedan restos en algunos de sus
monumentos: las
iglesias de
San Pedro (año 1000) y de la Concepción (1515). Fueron posteriormente restauradas y el antiguo
convento de la Merced, antigua
ermita de San Roque, pasó a ser la
Catedral onubense. Huelva es capital de provincia desde 1833 con rango de ciudad desde 1876. Varios libros, originales de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez (Facediciones, 2008), dan cuenta de los expedientes carcelarios correspondientes a la inmensa multitud de onubenses encarcelados en la Prisión Provincial durante la guerra civil española, con diferente suerte a su salida.
Según el profesor Guillermo Tejada, su nombre actual no derivaría del hidrónimo compuesto prelatino "Onuba" (< "On/An+uba"), sino de otro hidrónimo compuesto, redundante o repetitivo, también prelatino, "Olva" (< de "Ol (e) va" < "Ol (e+e) va", "
río-río" o "río de río"), al transformar la "O" inicial en "Ue", y absorver la "l" el sonido de la "e" - la "H" inicial es un añadido posterior sin ninguna trascendencia real-. Y su significado sería parecido, (junto al) "rio - río" o "río del río".