Sea cual fuera el sentido de esta dispersión, el género Eunectes parece estar más relacionado con las boas Condoia que con los demás boidos, lo que indica que o bien algún ancestro de las anacondas viajó hacia el Pacífico o bien éstas descienden directamente de alguna ancestral boa del Pacífico. Desgraciadamente, la escasez del registro fósil en este orden de vertebrados de esqueleto frágil impide decantarse por cualquiera de estas dos hipótesis. Por la misma razón, tampoco podemos descartar por completo la idea tradicional de que los actuales boidos descienden de un antiguo grupo de macrostomados –las grandes Mastoia, cuyos fósiles se han encontrado en Madagascar, África y Sudamérica- que poblaba el continente de Gondwana, pese a que esta hipótesis no logre explicar por qué la boa constrictor está más estrechamente emparentada con las boas de Madagascar que con otros boidos de Sudamérica, incluidas las anacondas.