En uno de los lados sin porticar del patio, se encuentra la portada moderna de la iglesia, ya que la antigua ha desaparecido como resultado de un conjunto de desafortunadas intervenciones. A la inexistente portada se refiere la inscripción que aparece en la parte superior de la misma: "Año de 1797. Costeó esta portada y cancela D. Luis Ponce de León y Cerda, marqués del Castillo del Valle, patrono y síndico de esta SantaCasa para memoria de su amor a ella". Como se observa, son la familia de la Cerda y la de los Ponce de León las que ostentan el patronato del monasterio. Sus relaciones con la Orden Franciscana hay que remontarla hasta 1580.